純凈水設備清洗的方法為為：停止設備運行保護法、壓沖洗技術清洗法、化學清洗法；
一、停止設備運行保護法
純凈水設備一旦處理不當就會導致設備的膜的性能下降或者是直接不使用，所以設備一定要定期進行清洗，而在短時間內停止對設備的運作是可以起到保護作用的。
二、壓沖洗技術清洗法
長期使用會導致純水設備受到污染，所以要進行定期的清洗設備表面存在的污垢，一般在清洗時都會用壓沖洗技術的清洗法。
三、化學清洗法
由于純凈水設備的表面存在一層容易被一些微生物或無機物覆蓋的膜，在理想的狀態下可以半年清洗一次，具體的方法如下：
1、按照配好的清洗劑配方，往清洗水箱中配制清洗液，將其攪勻待用。
2、在清洗前，需關閉反滲透裝置上的進出水閥門、排放閥門，然后在打開反滲透裝置上的化學清洗進出閥門為此形成循環清洗系統。
3、打開電源，按規定的流量、壓力(0.14-0.22Mpa)和溫度(<30℃)，清洗1-2小時(必要時可浸泡1-2小時)，在最開始時需要排出的清洗液排入地溝，以保證清洗液的濃度。
4、清洗完畢后，將清洗水箱殘液排完，往反滲透裝置注入符合水處理的水，再以相同條件進行沖洗。
5、在設備清洗結束后，切忌將清洗過濾器、清洗水泵等設備置于清洗液的狀況下，務必將化學清洗裝置沖洗干凈。
