為了保護人體健康，防止水致傳染病的傳播，必須對不銹鋼超純水處理后用于飲用的水中致病微生物加以控制。原則上，熱法和膜法兩種純水處理工藝的產水基本都不含有微生物，但是，在超純水的儲存或管網配送中水可能受到二次污染。因此，出于安全考慮，不管是熱法還是膜法生產出來的超純水，都必須進行消毒。超純水后處理消毒的一般原則類似于飲用水的消毒。
消毒工藝是指將水體中的病原微生物滅活，使之減少到可以接受的程度。人體內致病微生物主要包括病菌、原生動物胞囊、病毒等。
水的消毒方法很多，可大致歸納為物理法和化學法。物理法消毒主要是利用加熱、紫外線輻射等物理手段破壞微生物體內的酶系統或DNA進行微生物滅活。但由于成本較高、操作困難、不具備持續殺菌能力等原因在應用上受到了一定限制。化學法是目前使用最廣泛、效果最可靠的一種消毒方法。它是通過向水中投加化學藥劑破壞微生物細胞壁和體內的酶系統對微生物進行滅活和控制。
理想的消毒劑需要具備的主要特點如下
(1)、不但殺菌效率高，而且具有持續殺菌能力。
消毒劑殺菌只有高效，才能保證在用量有限的條件下短時間內滅活微生物。此外，由于許多微生物具有在環境不適宜的條件下形成芽孢或胞囊的能力，一旦環境改善后會再度萌發和繁殖，因此消毒劑的持續殺菌能力非常重要。
(2)、安全、不產生有毒副產物。
消毒劑用于殺菌的投放濃度必須對人體不產生危害，也不產生其他的有毒副產物。液氯消毒經濟、有效、使用方便，有上百年的應用歷史。但自20世紀70年代人們發現受污染水源經氯化消毒后會產生三氯甲烷(THMs)等致癌物，對消毒所產生的有毒副產物的評價便引起了人們廣泛重視。目前，雖然液氯仍是應用最廣泛的一種消毒方法，但其他消毒方法也日益受到重視。
(3)、容易生產，儲運方便，成本低廉。
目前用于飲用水消毒最常用的消毒劑是各種形式的氯(如液氯、次氯酸鈉等)，因為氯作為消毒劑的效率是公認的，而且氯在消毒過程中在淡化水中產生的消毒副產物的前體濃度也較低。其他的消毒劑如氯胺或二氧化氯可作為次要消毒劑，而臭氧或紫外線照射，可以與氯胺結合使用，以控制微生物在特定情況下的再生長。這些工藝成本相對較高，效果也不是很好，但沒有殘留效應。
